A la suite du procès de trois journalistes et d'un officier slovènes, des mouvements pour une Slovénie indépendante s'organisent. En 1989, le Parlement slovène déclare la souveraineté nationale de la Slovénie : les lois nationales priment alors sur les lois de la Fédération. En avril 1990, les premières élections pluralistes voient la victoire de la coalition d'opposition démocratique Demos. Lors d'un référendum en décembre 1990, 88,5 % des Slovènes votent en faveur de l'indépendance de la Slovénie. La République de la Slovénie déclare officiellement son indépendance le 25 juin 1991.

L'armée yougoslave attaque la Slovénie le 27 juin 1991, mais les Slovènes remportent une large victoire après une dizaine de jours de combats. L'armée yougoslave s'engage à retirer ses forces militaires de Slovénie le 7 juillet 1991, lors de la Déclaration de Brioni. La constitution slovène est adoptée le 23 décembre 1991.

Le passage à la démocratie et à l’économie de marché fut réalisé progressivement, sans heurts. Aux premières élections présidentielles du 6 Décembre 1992, l'ancien communiste Milan Kucan l'emporte largement. Le parti libéral démocrate remporte la majorité des sièges au Parlement et son leader Janez Danovsek devient Premier Ministre.